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prototype.jsとjQueryのThickBoxをデフォルトのまま一緒に使おうとするとコンフリクトを起こしてうまく機能しない(参照: prototype.jsとThickBox(jQuery)がコンフリクト｜blog｜たたみラボ)。 が、jQueryの$-functionをOverride(参照: Using jQuery with Other Libraries - jQuery JavaScript Library)して多少細工をすれば共存できる。

まず、htmlのscriptタグなどにjQuery.noConflict();を記述。

<script type="text/javascript">

jQuery.noConflict();

</script>

その後thickbox.jsのファイルを開いて、全ての「$」を「jQuery」に置換する。そうすれば、衝突なしにprototype.jsの$ファンクションも使えて、ThickBoxも機能する、と思う。