iPod toch 向けにffmpegを使用しH.264の映像作って、転送しようと思ったら、全部 iTunes に怒られてどうしたもんだなと思ったら、同じように悩んでいる人がいた。
なるほど、-coder 0 -vlevel 13 というオプションが必要なんだな。 ところが、debian-multimedia経由で入れたdebianのFFmpegでは vlevel というオプションがないといわれる。 で、いろいろ調べた結果。-vlevel じゃなくて -level でいいらしい。
-coder 0 -level 13
これで、無事 iPod touch でH264見れました。

